Geschlechtsinkongruenz bezeichnet eine deutliche und andauernde Diskrepanz zwischen dem erlebten Geschlecht einer Person und dem ihr bei Geburt zugewiesenen Geschlecht. Der Begriff stammt aus der ICD-11, dem 2022 in Kraft getretenen Diagnosehandbuch der Weltgesundheitsorganisation (WHO), und hat dort die frühere Diagnose „Transsexualismus“ beziehungsweise „Störung der Geschlechtsidentität“ ersetzt.
Die Neuerung ist ein Schritt der Entpathologisierung: Geschlechtsinkongruenz wird in der ICD-11 nicht mehr im Kapitel für psychische Störungen geführt, sondern im neuen Kapitel „Zustände im Zusammenhang mit sexueller Gesundheit“. Trans-Sein gilt damit offiziell nicht mehr als psychische Erkrankung. Der Begriff bleibt dennoch als Diagnose bestehen, weil eine Klassifikation oft nötig ist, damit Betroffene Zugang zu medizinischen Leistungen wie Hormontherapie oder geschlechtsangleichenden Operationen erhalten.
Von der Geschlechtsdysphorie unterscheidet sich Geschlechtsinkongruenz dadurch, dass sie allein die Diskrepanz beschreibt, ohne dass damit zwingend Leidensdruck verbunden sein muss. Geschlechtsdysphorie meint dagegen das psychische Unwohlsein, das manche, aber nicht alle Menschen mit Geschlechtsinkongruenz empfinden. Nicht jede trans oder nichtbinäre Person erlebt Dysphorie, viele beschreiben ihre Situation eher über den neutraleren Begriff der Inkongruenz.